《机动战士高达SEED DESTINY HD重制》延续前作剧情，故事发生在地球联合军与扎夫特的冲突之后。拉克丝·克莱茵领导的奥布阵营致力于维护和平，而新的势力“智慧女神号”舰队崛起，以强硬手段推行“命运计划”。基拉·大和在经历了战争创伤后隐居，却因挚友阿斯兰·萨拉的求助而再度卷入纷争。阿斯兰曾与基拉并肩作战，此次他在“智慧女神号”与旧友立场对立。剧中，真·飞鸟驾驶命运高达，他因家人在战争中丧生而充满仇恨，成为“命运计划”的执行者。各方势力在宇宙与地球战场展开激烈交锋，基拉等人在守护正义与和平的道路上不断战斗，历经无数艰难险阻，最终在信念的支撑下，化解了危机，为世界带来了新的希望。