《蓝色档案》是一部充满悬疑与谍战元素的剧集。故事发生在风云变幻的特殊时期，中共地下党员沈亚奇肩负着重要使命，她要找到一份至关重要的“蓝色档案”。这份档案里藏着日军细菌战的关键情报，一旦落入敌手后果不堪设想。沈亚奇在执行任务过程中，遭遇了国民党特务组织“神风组”的重重阻挠。“神风组”组长雾藏和副组长贺德彪诡计多端，给沈亚奇制造了无数的麻烦。同时，沈亚奇还结识了国民党特工赵康，两人在复杂的局势中从相互猜疑到逐渐信任，携手共同对抗敌人。在惊险刺激的斗争中，他们不断破解敌人的阴谋，历经无数艰难险阻，最终成功获取“蓝色档案”，将日军的罪恶阴谋公之于众。