《神兵小将1》围绕着南宫问天和他的伙伴们展开。在故事中，天地盟主妄图统治整个玉龙国，他囚禁了玉龙国元首女娲，还派出手下四处抢夺各种神兵兽，将它们魔化。南宫问天是南宫城少城主，也是神兵天晶的主人，他与妹妹南宫问雅踏上了拯救玉龙国的冒险之旅。一路上，问天结识了许多伙伴，像灵剑双子中的燕，他们一起并肩作战。问天凭借天晶的力量与伙伴们的协助，不断与魔化的神兵兽和天地盟主的手下交锋。他们在各个城池经历了重重困难，一次次化解危机，逐渐收复被魔化的神兵兽，让它们恢复本性。问天等人始终坚守正义，为了让玉龙国恢复和平，不断努力战斗着。