《某科学的超电磁炮第三季》延续前作，围绕学园都市展开故事。主角御坂美琴是学园都市中仅有的七名超能力者之一，拥有“超电磁炮”的称号。本季中，学园都市暗流涌动，一系列神秘事件接连发生。御坂美琴和好友白井黑子、初春饰利、佐天泪子等人被卷入其中。她们遭遇了来自各方的挑战，包括神秘组织的阴谋和强大敌人的攻击。在一次事件里，学园都市出现了能控制他人记忆的诡异现象，美琴等人开始调查真相，过程中不断与敌人斗智斗勇。美琴凭借强大的电磁能力，在战斗中发挥关键作用，同时也展现出她善良、勇敢的一面。她不仅要应对外部威胁，还要处理与同伴之间的关系，共同成长，一起守护学园都市的和平与正义。