《少林与武当》以明朝为背景，展现了少林和武当两大武林门派的故事。武当弟子卓非凡为师父报仇，却被诬陷为杀害朝廷命官的凶手。他在逃亡途中结识了少林俗家弟子司马剑。司马剑为人正直，坚信卓非凡的清白，决定与他一同查明真相。 他们一路上遭遇了各种势力的追杀和阻挠，既有邪恶的武林帮派，也有朝廷的鹰犬。在这个过程中，少林和武当两派的关系也变得微妙起来，部分人对卓非凡充满怀疑，两派之间产生了一些误解和矛盾。 但卓非凡和司马剑凭借着高强的武艺和坚定的信念，不断突破困境。最终，他们揭开了幕后黑手的阴谋，还卓非凡以清白，同时也化解了少林与武当两派之间的误会，让两大门派重归和谐，共同维护武林的正义与和平。