《雨色可可第二季》延续了第一季的故事，继续围绕着位于俄罗斯圣彼得堡的巧克力店“Rainy Color”展开。店里的店员们依旧过着忙碌又有趣的生活，他们分别是开朗热情的东云皐月、温柔优雅的篠田枫、神秘冷酷的阿尔乔姆以及活泼可爱的艾可。 在这一季中，店里迎来了新的客人与挑战。皐月等人在经营巧克力店的同时，也不断探索着巧克力的新口味和制作方法。他们会参加各种巧克力相关的活动，与同行竞争交流。同时，角色们之间的情感也进一步发展，友情在一次次的困难中变得更加深厚。而围绕着巧克力店似乎还隐藏着一些不为人知的秘密，随着剧情推进，这些秘密逐渐浮出水面，为故事增添了更多的神秘色彩。