《魍魉之匣》围绕着一系列离奇事件展开。少女柚木加菜子在雨夜被人推下站台，身受重伤被送进医院。然而，加菜子的姐姐赖子却声称妹妹失踪，且医院里出现了神秘的匣子，匣子中似乎藏着不可告人的秘密。侦探榎木津礼二郎和小说家关口巽等人也被卷入其中。随着调查的深入，他们发现事件背后牵扯到复杂的人物关系和诡异的宗教团体。美马坂幸四郎医生的研究所里进行着不为人知的实验，而魍魉的传说也在这个过程中不断浮现。整个故事充满了悬疑和惊悚的氛围，人物的内心世界和复杂情感也在事件的推动下逐渐展现，情节跌宕起伏，让人沉浸其中，探寻真相。