《怪医黑杰克 OVA》围绕天才外科医生黑杰克展开。黑杰克没有医师执照，却拥有高超的医术，他收费高昂，只为那些真正需要且能支付费用的患者治疗。在一个案例中，小女孩惠美因罕见疾病生命垂危，常规治疗已无效果，其父母找到黑杰克。黑杰克经过仔细诊断，决定进行一场高难度手术。手术过程中状况百出，但他凭借精湛技艺成功挽救惠美。然而，黑杰克也有自己的过去，他小时候经历过一场灾难，身体部分移植了他人器官。他的助手皮诺可是他用遗体部分创造的少女，一直陪伴在他身边。黑杰克凭借独特的人格魅力和高超医术，在一个个惊险的医疗故事中展现着人性的复杂与美好。