《导弹旅长》聚焦于新型导弹旅旅长石志雄。石志雄刚上任就面临诸多挑战，部队存在训练模式陈旧、观念保守等问题。他力排众议，推行一系列改革举措，如打破常规训练方法，引入实战化模拟对抗，这引发了部分官兵的不理解和抵触。在一次重大军事演习中，石志雄带领部队遭遇重重困难，通信故障、敌方干扰等状况不断，但他凭借卓越的指挥才能和坚定的信念，带领官兵们克服困难，成功完成演习任务，让部队战斗力得到显著提升。同时，他在家庭中也面临着妻子的不理解和孩子成长的缺席等问题。该剧通过展现石志雄的经历，生动刻画了新时代军人的形象，展现了军队改革发展的艰辛与成就。