《初音岛》以四季都开满樱花的初音岛为背景展开故事。主人公朝仓纯一升入风见学园，在岛上开始新的高中生活。他一直暗恋着同级的学姐白河小鸟，然而表白却被拒绝。与此同时，纯一的家中迎来了转校生妹妹朝仓音梦。音梦其实一直喜欢着纯一，她来到这个家后，两人的关系逐渐发生微妙变化。 在学校里，纯一还结识了天枷美春等一众性格各异的女孩。美春活泼开朗，对纯一也有着别样的感情。随着故事推进，纯一在与这些女孩的相处中，不断经历着欢笑与泪水。他们一起度过校园生活的点点滴滴，有社团活动的热闹，也有面对困难时的相互扶持。纯一在众多女孩的情感围绕下，内心的情感世界变得愈发复杂，他将如何面对这些感情，又会在初音岛留下怎样的青春回忆，都成为故事的看点。