《神雕侠侣2006》以南宋末年为背景，围绕杨过与小龙女的爱情故事展开。杨过自幼父母双亡，流落嘉兴，后被郭靖、黄蓉接到桃花岛。因性格顽劣，杨过被送到全真教学艺，却备受欺辱，愤而逃离，在古墓中拜小龙女为师。二人在古墓中相依为命，情愫渐生。然而，他们的爱情之路充满坎坷，师徒恋不被世俗所容，又遭遇众多江湖恩怨。杨过右臂被郭芙斩断后，独自闯荡江湖，武功日益精进，成为神雕大侠。期间，他与公孙绿萼、程英、陆无双等女子也有情感纠葛。小龙女为了杨过跳下绝情谷，十六年后杨过在谷底与她重逢。最终，二人携手归隐，远离江湖纷争，他们的爱情故事也成为江湖中的一段传奇。