《忍者神龟第六季》延续了前作的精彩，聚焦于拉斐尔、莱昂纳多、米开朗基罗和多纳泰罗这四只神龟。他们生活在纽约下水道，在师父斯普林特的教导下，练就了一身武艺，守护着城市的和平。本季中，神龟们面临全新挑战。外星恶势力克朗入侵地球，企图利用神秘能量统治世界。神龟们与老对手施莱德及其脚帮余党也再度交锋，双方冲突不断升级。在战斗过程中，神龟们内部也产生了分歧，拉斐尔冲动行事，与沉稳的莱昂纳多产生矛盾，但他们最终化解隔阂，携手作战。此外，神龟们还结识了新盟友，共同对抗邪恶势力。经过一系列激烈战斗，神龟们成功挫败克朗的阴谋，守护了地球的安宁。