《绝密543》以20世纪50年代末为背景，聚焦空军地空导弹部队二营。营长肖占武原本是战功赫赫的高炮团团长，因部队调整被任命为二营营长，带领一群来自五湖四海的战士组建地空导弹部队。他们面临着装备操作复杂、技术难题多等诸多挑战，却凭借顽强意志和不懈努力迅速掌握了导弹操作技术。在与国民党高空侦察机的较量中，二营多次设伏，巧妙运用战术，成功击落敌机。然而，他们也遭遇了敌人的反制和内部的矛盾。肖占武在指挥作战中不断成长，与政委、战友们紧密配合，克服重重困难，一次次创造防空奇迹，捍卫了祖国领空安全，铸就了一段热血激昂又充满传奇色彩的防空作战史。