《小小克星第一季》围绕着主人公直枝理树展开。理树因幼年好友的离世而内心封闭，后来来到了名为“Little Busters”的社团。社团成员有开朗热情的枣恭介、温柔善良的枣铃等。他们一起度过了许多欢乐时光，进行棒球比赛、夏日祭典等活动。然而，随着故事推进，理树逐渐发现这个看似美好的世界背后隐藏着秘密。原来，这一切是恭介为了帮助理树走出过去阴影而创造的虚拟世界。在这个过程中，理树与伙伴们的感情不断加深，也慢慢打开了自己的心扉，最终直面内心的伤痛。