《暗杀教室第一季》围绕椚丘中学 3 年 E 班的师生展开。新学期伊始，学生们迎来了特殊的班主任——号称能毁灭地球的章鱼怪杀老师。学校给学生们下达了暗杀任务，若在一年内成功杀掉杀老师，不仅能获得巨额奖金，还能升入普通班级；若失败，地球将在一年后被毁灭。学生们起初对杀老师充满恐惧与敌意，但在相处中，他们逐渐发现杀老师善良、博学且关心学生。杀老师不仅教授他们知识，还传授暗杀技巧。在一次次的暗杀尝试和校园生活中，师生间的感情逐渐加深，学生们也在这个过程中不断成长，他们在完成暗杀任务与不舍杀老师之间陷入了纠结。