《数码宝贝幽灵游戏》的主角是天野猛和山木武史，他们经营着“天野侦探事务所”，专门处理各种灵异事件。某天，他们遇到了自称是数码宝贝的幽灵“幽幻兽”，从此卷入了数码世界与现实世界的神秘事件中。在调查过程中，他们结识了更多数码宝贝，像可爱又强大的巴达兽等。他们一边解决现实世界因数码宝贝引发的麻烦，一边探寻数码世界背后隐藏的秘密。每一次案件的解决都伴随着新的挑战和成长，天野猛等人在这个过程中不断变强，与数码宝贝们的羁绊也愈发深厚，共同面对来自数码世界的邪恶势力，守护两个世界的和平。